Năm 1541, Jeanne kết hôn với William, Công tước Jülich-Berg-Ravensberg-Kleve-Mark, nhưng cuộc hôn nhân này bị hủy bỏ năm 1545, họ không có con.

Ngày 20 tháng 10 năm 1548, Jeanne kết hôn với Antoine de Bourbon và có năm người con:

• Henri, Công tước Beaumont (1551-1553)
• Henri IV, Vua nước Pháp (1553-1610)
• Louis (1555-1557)
• Madeleine (1556)
• Catherine (1559-1604), kết hôn với Henri I, Công tước Lorraine năm 1599.